Le Mérite européen fut créé le 8 février 1969 à Paris, au Club de l'ABC de l'Europe, par François Visine. Ce club devint la Fondation du Mérite européen, une asbl, et prit pied à Luxembourg en 1970. Celle-ci fut placée sous la présidence d'honneur du président du gouvernement luxembourgeoise successifs, MM. Gaston Thorn, Pierre Werner, Jacques Santer et Jean-Claude Juncker, ont jouéune rôle majeur dans le développement et  le rayonnement de la Fondation du Mérite européen. Jamais ils ne ménagèrent leur précieux soutien à l'œuvre accomplie par François Visine, le fondateur, et ses amis. En autonome 1989, la Fondation fut reconnue établissement d'utilité publique par arrêté grand-ducal.

Au cours des premières années, ses activités on eu essentiellement pour objet la publication d'ouvrages su l'Europe. Citons comme exemple les très connu « dictionnaire Visine de l'Européen » qui fut une référence en Europe pendant  de nombreuses années, jusqu'à l'avènement de l'ordinateur et de l'internet. On peut encore mentionner en 1990, un projet de « Constitution européene » montrant la pertinence, l'engagement et le côté visionnaire de la Fondation et de son fondateur.

Dans la seconde partie de son existence, la Fondation du Mérite européen, en raison de la diffusion abondante d'informations européennes sur les réseaux informatiques, a cessé ses publications pour limiter ses activités à l'attribution de distinctions honorifiques. Chaque remise de distinctions se déroule généralement dans le cadre d'une séance académique honorée par la présence 'éminentes personnalités européennes .

Si, dans un premier temps, de nombreuses distinctions avaient été attribuées, essentiellement, à d'importantes personnalités du mode politique ou des institutions de 'Union européenne et à des journalistes, la Fondation, toujours soucieuse de s'adapter à une Europe en évolution et en développement constants, a décidé d'honorer également les personnalités qui contribuent, de quelque manière et dans 'importe quel domaine que ce soit, au renom et au développement de l'Union européenne. C'est ainsi que son champ s'est étendu aux éminentes personnalités des modes humaniste, scientifique, culturel, littéraire, artistique, au sens large, mais aussi à celles et ceux qui s'efforcent de promouvoir l'idée européenne sur le terrain, que ce soit dans les écoles, les associations ou dans des clubs, etc.

En 2010, la Fondation du Mérite européen a célébré son 40° anniversaire. À cette occasion, elle a créé deux nouvelles distinctions de grand prestige : le grand collier et le collier du Mérite européen.

Soucieuse d'élargir son rayonnement en synergie avec d'autres organisations d'importance, la Fondation du Mérite européen a concludes accords de partenariat et de coopération ave le Centre Virtuel de la Connaissance sur 'Europe (CVCE) et l'Université de Luxembourg.

Le 19 avril 2023, des représentants de la Fondation du Mérite Européen et de l’Université du Luxembourg se sont réunis pour célébrer la poursuite de leur collaboration et signer un accord formalisant leur partenariat pour les trois prochaines années. La Fondation du Mérite Européen, fondée en 1970, collabore avec la Faculté de Droit, d’Économie et de Finance (FDEF) ainsi qu’avec la Faculté des Lettres, de l’Éducation et des Sciences Sociales (FHSE) de l’Université du Luxembourg pour concrétiser leur mission de promotion des idéaux de l’unité européenne à travers diverses actions depuis 2014. La fondation a son siège dans la maison natale de Robert Schuman, un bâtiment qui a également été historiquement occupé par l’Université du Luxembourg. Avec pour devise « Vouloir l’Europe, Connaître l’Europe, Agir pour sa réalisation. » (Vouloir l'Europe, connaître ses problèmes, agir pour la réaliser), la Fondation du Mérite Européen organise et participe à des conférences, décerne l'Ordre du Mérite Européen à des personnalités éminentes qui ont contribué à l'avancement des valeurs européennes et récompense l'excellence académique des étudiants de Master en Droit et en Sciences Politiques de l'Université du Luxembourg.